През 1998 г. се захваща да се завърне, започва невероятна програма на тренировки и диети, посещава психолог и отново има глад за тенис. На 5 юли 1999 г. е №1 в ранглистата, сваляйки оттам Сампрас. Това е едно от великите завръщания, въпреки че и до днес Агаси е упрекван за лъжите, с които се спасява от наказание за нарушенията на допинг правилата. След завръщането "от Ада" (негови думи) играе 8 финала в Големия шлем, като печели пет.